Działania ochronne obejmują m.in. właściwe przygotowanie gleby, stosowanie odpowiedniego materiału sadzeniowego, terminowe wykonywanie zabiegów pielęgnacyjnych, a także kształtowanie składu gatunkowego zgodnego z siedliskiem oraz wykorzystywanie odnowień naturalnych, które cechują się większą odpornością na czynniki stresowe.

Jednym z kluczowych zadań ochrony lasu w zakresie upraw i młodników jest ograniczanie uszkodzeń wyrządzanych przez zwierzynę. Na terenie lasów RDLP w Toruniu siedliska intensywnego żerowania znalazły takie gatunki jak jelenie, sarny, łosie i daniele. Młode pokolenia drzew są szczególnie narażone na szkody mechaniczne m.in. zgryzanie pędów, spałowanie (obdzieranie kory), czemchanie i wydeptywanie siewek,  które istotnie ograniczają dynamikę wzrostu upraw i obniżają ich jakość. Skuteczna ochrona upraw i młodników wymaga stosowania wielu metod, które łącznie istotnie zmniejszają ilość wyrządzanych przez zwierzynę szkód. 

Grodzenia siatką leśną stanowią fizyczną barierę, która ogranicza dostęp dużych ssaków roślinożernych do młodych drzew. Projektowanie grodzeń uwzględnia lokalne warunki terenowe, migrację zwierzyny oraz zwyczaje zwierząt, co zapewnia ich wysoką skuteczność.

Równocześnie w ochronie upraw i młodników niezwykle ważne są osłonki mechaniczne na poszczególne drzewka. Plastikowe tuby, siatkowe kosze lub naturalne materiały stosowane bezpośrednio na pędy młodych drzew, chronią je przed zgryzaniem i spałowaniem w najbardziej wrażliwym okresie wzrostu.

Nie mniej istotne są repelenty chemiczne, aplikowane na pędy roślin w celu odstraszenia zwierzyny poprzez nieprzyjemny zapach lub smak. Preparaty te wykazują najwyższą skuteczność, gdy stosowane są równolegle z grodzeniami i osłonkami mechanicznymi, a ich regularne nakładanie, zwłaszcza po opadach deszczu lub śniegu, pozwala utrzymać ochronę na wysokim poziomie.

W RDLP w Toruniu stosuje się także działania, mające na celu odciągnięcie zwierzyny od młodych upraw, takie jak pozostawianie gałęzi i pni drzew po cięciach pielęgnacyjnych – tzw. drzew zgryzowych. W sezonie zimowym zapewniają one alternatywne źródło pożywienia dla zwierzyny i zmniejszają presję na wrażliwe młodniki.